SIBO : démêlons le VRAI du FAUX ? par Christian Boyer

Le SIBO n’est peut-être pas SI-BEAU… mais le connaissez-vous vraiment ? Etes-vous sûr de savoir vraiment de quoi il s’agit, et surtout comment le prendre en charge ?

Nous voilà donc sur la route du SIBO afin de démystifier cet acronyme et de mettre un peu d’ordre dans tout ce que l’on entend !

Le SIBO : définition 

Le SIBO est un acronyme anglais qui signifie Small Intestinal Bacterial Overgrowth. Cela se traduit en français par pullulation bactérienne de l’intestin grêle. Par les mots « pullulation » et « intestin grêle » nous avons donc deux notions, celle d’une surpopulation bactérienne et l’autre de la localisation : l’intestin grêle. Le SIBO est donc une dysbiose (rupture de l’équilibre microbien) du grêle. Il ne s’agit donc pas d’une infection bactérienne, comme une infection à Clostridium difficile par exemple, car les bactéries qui pullulent sont tout simplement des bactéries dites commensales (faisant partie intégrante de notre microbiote) et non de bactéries pathogènes. Il est vrai cependant que les bactéries qui sembleraient impliquées dans le SIBO sont plutôt des bactéries problématiques en excès car ce sont des protéobactéries, des bactéries gram négatives, tels que Escherichia Coli et Klebsiella par exemple [1].

Cet excès de bactéries dans l’intestin grêle, qui en temps normal n’en contient pas beaucoup (contrairement au côlon), va provoquer des fermentations et productions de gaz en grande quantité, qui sont à l’origine de symptômes gastro-intestinaux. Le SIBO est d’ailleurs une cause courante de SII (syndrome de l’intestin irritable).

Quasiment tous les SII sont des SIBO ? VRAI ou FAUX ?

FAUX. Il est vrai que lorsque l’on regarde toutes les études, certaines études américaines mettent en avant des chiffres atteignant des pourcentages proches de 80-90% de SIBO chez les patients souffrant de syndrome de l’intestin irritable (SII). Il s’agit notamment des études d’un spécialiste gastro-entérologue Américain qui se nomme le Dr. Pimentel. On lui doit de nombreuses études et avancées sur le domaine du SIBO.

D’après une méta-analyse datant de 2022 et portant sur 37 études, la prévalence du SIBO était d’environ 49% chez les patients atteints de SII [2]. Il est possible de donner une fourchette réaliste qui se situerait entre 30 et 50% de SIBO chez les patients SII.

On peut donc dire que tous les SII ne sont pas des SIBO mais en revanche quasiment tous les SIBO sont des SII. En-effet les symptômes provoqués par le SIBO tels que les gaz, ballonnements, diarrhées et/ou constipation ainsi que les douleurs intestinales sont des symptômes rencontrés dans le SII. Il est important de rappeler que le SII n’est qu’un « syndrome », une « étiquette » qui ne fait que décrire un groupe de symptômes retrouvés chez les patients. Le SII est classé comme un pathologie dite « fonctionnelle » en opposition aux pathologies organiques telles que les MICI (maladie de Crohn, rectocolite hémorragique). Le SII a donc une ou des cause(s) et le SIBO en est souvent une !

Le SIBO ce sont des bactéries qui remontent du côlon dans l’intestin grêle. VRAI ou FAUX ?

C’est FAUX dans la quasi-totalité des cas. En effet, une des premières hypothèses qui avait été émise consistait à dire que cet excès bactérien était le résultat de la migration rétrograde des microbes du côlon dans le grêle. Ce cas là est relativement rare et peut se présenter lorsqu’il y a une altération de la valvule iléo-caecale (aussi appelée valvule de Bauhin) pouvant notamment être provoquée par une chirurgie digestive proche de cette zone. Les différentes données scientifiques et les différents experts du SIBO comme le gastro-entérologue et chercheur le Dr Mark Pimentel (Cedars-Cinaï, Los Angeles, USA) réfutent totalement cette hypothèse. En effet, il s’agit plutôt d’une pullulation de certaines populations de bactéries déjà présentes dans l’intestin grêle. Par ailleurs un des premiers contributeurs au SIBO est une altération de la motilité de l’intestin grêle [3], ce qui entraîne un mauvais nettoyage des bactéries présentes dans cette zone, favorisant ainsi leur pullulation. Des études se sont intéressées à caractériser les différences retrouvées entre les populations de bactéries de l’intestin grêle et de celles du côlon et ont trouvé d’importantes différences. On retrouve notamment beaucoup de bactéries anaérobies (qui ne tolèrent pas l’oxygène) dans le microbiote colique qu’on ne retrouve pas dans celui de l’intestin grêle.

Une étude de 2017 a d’ailleurs conclu que « le séquençage de l’ADN du microbiote du jéjunum (portion de l’intestin grêle) chez des patients diagnostiqués avec un SIBO, n’apporte aucune preuve d’une migration de bactéries provenant du côlon » [4].

Le SIBO est une maladie ? VRAI ou FAUX ?

C’est un FAUX avec un grand « F ». Attendez un instant avant de me sauter à la gorge… Dire qu’il ne s’agit pas d’une maladie ne minimise en rien les symptômes parfois très handicapants que peuvent ressentir les personnes ayant un SIBO ! Mais en effet il ne s’agit pas d’une maladie à proprement parler mais d’un déséquilibre considéré comme un « épiphénomène » consécutif à des dérégulations dans la physiologie du corps, ces dérégulations pouvant être causées par des maladies ! Le SIBO est TOUJOURS la conséquence d’un autre problème qu’il faudra rechercher et identifier.

Le SIBO ne se guérit pas, c’est une problématique chronique. VRAI ou FAUX ?

En se basant sur la définition du SIBO c’est FAUX. En effet, le SIBO est une conséquence d’un autre problème. Il y a donc une ou des cause(s) sous-jacente(s). La résolution du SIBO et le fait qu’il peut être chronique ou non dépend donc de la cause. Si la cause du SIBO n’est pas identifiée ou s’il n’est pas possible de la résoudre, alors oui le SIBO peut devenir et rester une problématique chronique. Si on prend l’exemple d’un SIBO dont la cause serait une chirurgie digestive (by-pass par exemple), la cause est donc complexe voire impossible à résoudre. Le problème étant « mécanique » et définitif, dans ce cas là le SIBO peut rentrer dans une forme de chronicité. Il y a cependant des mesures qui peuvent être prises pour améliorer le confort et les symptômes de la personne par une approche diététique et micro-nutritionnelle.

Les causes du SIBO sont nombreuses et il est parfois compliqué de les identifier. VRAI ou FAUX ?

Il s’agit ici d’un VRAI avec un grand V ! Les causes du SIBO sont nombreuses et peuvent parfois s’additionner chez une même personne, ce qui peut dans certains cas rendre difficile leur identification.

On peut globalement les regrouper en 4 grandes catégories :

• Altération de la motilité de l’intestin grêle (sous-entendu du fonctionnement du complexe moteur migrant)
• Altération du flux intestinal (c’est-à-dire un blocage dans la progression normale du flux)
• Déficits dans la physiologie intestinale
• Causes iatrogènes (provoquées par des médicaments)

Retenez que l’altération de la motilité du grêle et donc du fonctionnement du CMM (complexe moteur migrant) est une cause principale de SIBO. Par ailleurs l’intoxication alimentaire est considérée comme une cause très fréquente de SIBO (dit « post-infectieux). En effet, certaines gastro-entérites bactériennes (notamment causées par des bactéries du genre Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia) peuvent provoquer le développement d’auto-anticorps appelés « anti-vinculine » qui vont entrainer une altération du fonctionnement du CMM. Ces anticorps anti-vinculine induisent une réduction de nos « cellules pacemaker » intestinales appelées cellules de Cajal [5].

Si le patient a développé un SIBO suite à une infection bactérienne, il y a de forte chance qu’il soit positif pour ces anticorps anti-vinculine, et que la cause de son SIBO soit alors un dysfonctionnement du CMM. Le mauvais fonctionnement du CMM est une cause courante de rechutes du SIBO et cela nécessite d’introduire dans le protocole de prise en charge des compléments et/ou de médicaments ayant une action dite « prokinétique ». Un agent prokinétique va stimuler le fonctionnement du CMM et par conséquent aider à améliorer la motilité de l’intestin grêle. Dans les prokinétiques naturels on retrouve notamment le gingembre, le 5-htp (5-hydroxytryptophane), le safran (titré en safranal), l’acetyl-l-carnitine, et de nombreuses plantes dites « amères » (gentiane, artichaut, …). 

On parle de SIBO mais en fait il en existe plusieurs types, VRAI ou FAUX ?

C’est tout à fait VRAI. En effet, on entend fréquemment le mot SIBO mais on devrait préciser qu’il existe deux types de SIBO, le SIBO hydrogène (H2) et hydrogène sulfureux (ou H2S). Il existe un troisième type qu’on appelait SIBO méthane (CH4) mais qui a été redéfini il y a quelques années sous le terme d’IMO pour Intestinal Methanogens Overgrowth ou pullulation d’archées méthanogènes [6]. Cette redéfinition a pris en compte le fait que les méthanogènes pouvaient pulluler aussi bien dans le côlon que dans l’intestin grêle. Si on doit définir les cas les plus fréquemment rencontrés, il y a en premier le SIBO hydrogène, en deuxième l’IMO et en dernier le SIBO H2S. Par ailleurs il est possible de cumuler 2 ou 3 configurations, c’est-à-dire que les plus malchanceux peuvent avoir un SIBO H2, H2S et un IMO. 

Par ailleurs même si les études sont moins fournies et claires à ce sujet, les causes du SIBO H2S et de l’IMO peuvent être les mêmes que celle du SIBO hydrogène, à la différence que l’intoxication alimentaire n’est pas reconnue comme une cause d’IMO (à moins qu’il ne soit associé avec un SIBO).

On peut savoir si on a un SIBO d’après les symptômes, les tests sont inutiles ! VRAI ou FAUX ?

Bien évidemment FAUX… même s’il y a un petit fond de VRAI. A moins d’être un adepte des devinettes, ne jouez pas avec cela ! Les symptômes du SIBO peuvent être parfois différents en fonction des personnes et il est difficile pour ne pas dire IMPOSSIBLE d’identifier via les symptômes si la personne a un SIBO hydrogène, ou un IMO, ou encore si elle cumule les deux par exemple. Les symptômes du SIBO H2S sont un peu plus particuliers mais encore une fois, difficile de ne pas se tromper sans tests adéquats. Les symptômes fréquemment rencontrés en cas de SIBO (ou d’IMO) sont des ballonnements, troubles du transit (diarrhées et/ou constipation), douleurs abdominales, éructations, flatulences, nausées, reflux gastro-œsophagiens, …

Il est couramment admis que le SIBO hydrogène est plutôt relié à de la diarrhée, le SIBO H2S à de la diarrhée (avec un caractère « d’urgence » / selles impérieuses) et l’IMO est très souvent corrélé avec de la constipation.

Si on regarde les données, on retrouve presque autant de patient avec de la diarrhée que de la constipation chez les patients ayant un SIBO [7]. Chez les patients avec un profil mixte (SIBO et IMO) on retrouve une prévalence plus importante de constipation que de diarrhées, et chez les patients avec un IMO une prévalence de 100% de constipation, dans l’étude du Dr. Pimentel publiée en 2003 [7]. La configuration H2S est plutôt bien corrélée avec des diarrhées également [8].

Finalement on peut être constipé et avoir un IMO ou un SIBO ou encore le mix des deux ! Comment faire alors pour identifier la configuration du patient ?!

Vous comprendrez donc que les tests sont bien loin d’être inutiles ! Non seulement ils vont nous aider à mettre en avant la configuration du patient (SIBO ou IMO) mais aussi nous informer sur la sévérité de la problématique, qui conditionne derrière les protocoles et leurs durées. De plus, sans test initial, en cas d’échec du protocole vous ne pourriez pas savoir si le protocole est en échec car il n’a pas fonctionné ou alors vous vous êtes tout simplement trompé… et vous avez ciblé un SIBO qui n’en était pas un !  

Pour mettre en évidence un SIBO, un des premiers tests qui a été utilisé et est encore considéré comme le « gold-standard » est l’aspiration du contenu jéjunal (le jéjunum est une portion de l’intestin grêle) avec mise en culture du fluide. Le SIBO est définit comme une présence de bactéries ≥ 10^E3 UFC (unité formant colonie) par mL de fluide jéjunal [1]. Bref… passons les chiffres

Bien que considéré comme le « gold standard », l’aspiration du liquide jéjunal n’est que peu utilisée en routine car il s’agit d’une méthode invasive et qui nécessite un équipement spécifique permettant de faire des prélèvements stériles, en évitant une contamination par la flore oro-pharyngée (flore buccale et dans l’œsophage).

Le test validé internationalement à l’heure actuelle pour le diagnostic du SIBO est le « breath test » (test respiratoire) au glucose ou au lactulose. Par ailleurs le consensus Nord-Américain de 2017 [9] qui a réunis des dizaines de spécialistes (cliniciens et chercheurs) a découlé sur de nombreuses recommandations. L’article publié à la suite de ce meeting de spécialistes conclut que « Le test respiratoire est un test diagnostique utile, peu coûteux, simple et sûr dans l’évaluation des problèmes gastro-entérologiques courants » [9].

Pour finir il est important de savoir qu’il existe à l’heure actuelle un vrai débat entre la fiabilité des substrats utilisés : glucose ou lactulose (et pas lactose !). La sensibilité et la spécificité du test au glucose a été évaluée comme étant un peu plus élevé que celle du lactulose [10]. Il est cependant également admis que le glucose pourrait donner plus de « faux négatifs » car le substrat étant plutôt absorbé dans les premières portions de l’intestin grêle (intestin proximal), il serait possible de passer à côté d’une pullulation de bactéries située dans la partie distale de l’intestin grêle. C’est pour cela qu’en cas de forte suspicion de SIBO ou d’IMO et d’un test négatif au glucose, il est intéressant d’effectuer un test au lactulose.

Il existe également une grande hétérogénéité dans les critères d’analyses des tests respiratoires en fonction des pays, et même au sein d’un pays (comme la France) les critères peuvent parfois varier d’un hôpital voire d’un praticien à l’autre ! Il existe cependant des critères d’analyses validés, notamment des critères d’analyses provenant du consensus de Rome (en 2009) et des critères d’analyses définis par le consensus Nord-Américain (en 2017). La plupart des experts SIBO utilisent les deux critères (critères de Rome et Nord-Américains) car cela se rapproche de manière plus juste de la « réalité clinique ».

L’hydrogène sulfureux n’est toujours pas dosé en 2024 dans la majorité des pays européens. Il existe cependant depuis 2020 un test appelé « Trio-Smart » qui mesure les 3 gaz (H2, CH4 et H2S), mais il n’est pour l’instant disponible qu’aux États-Unis et plus récemment en Australie.

Il est clair que l’interprétation des tests respiratoires nécessite une réelle connaissance des critères validés ainsi qu’une certaine expérience pratique dans le domaine. Retenez que la fiabilité du test respiratoire dépend en premier du bon respect des consignes de prérequis strictes avec notamment un régime alimentaire de préparation qui doit durer entre 24 et 48H en fonction du transit du patient (48H de régime voire plus pour les personnes constipées). Le test respiratoire doit également toujours s’analyser avec les symptômes du patient et de son historique médical (maladies diagnostiquées ? antécédents de chirurgie digestive ? etc)

On m’a diagnostiqué un SIBO avec une analyse du microbiote, apparemment c’est fiable ? VRAI ou FAUX

FAUX et VRAI… JOKER !

Plus sérieusement je vais vous expliquer pourquoi la réponse n’est ni négative, ni affirmative et il faut vraiment bien comprendre à quoi correspond une analyse du microbiote et son intérêt / fiabilité d’après les connaissances scientifiques actuelles.

Comme vous le savez sûrement lorsque l’on parle d’analyse de microbiote (souvent un séquençage de l’ARN16S bactérien), il s’agit de l’analyse du microbiote fécal qui est lui-même un reflet du microbiote colique. Etant donné que dans le SIBO il s’agit d’une problématique impliquant le microbiote de l’intestin grêle il semble donc difficile de rechercher un SIBO dans les selles ! Surtout que comme nous l’avons évoqué plus haut, il semble que les bactéries qui pullulent dans le cadre du SIBO n’ont pas grand-chose à voir avec celles du côlon.

Lorsque l’on regarde les études, on trouve une grosse proportion qui ont recherché des altérations du microbiote des selles chez les patients atteints de SII. Seulement bien souvent la présence de SIBO chez ces patients n’a pas été recherchée, et il est difficile d’extrapoler ce qui a été mis en évidence dans le cadre du SIBO (car tous les SII n’ont pas de SIBO). Sur les quelques études ayant recherché des altérations du microbiote fécal chez les patients avec un SIBO, les résultats sont contradictoires. Les résultats ne montrent pas nécessairement des différences entre les patients sains et atteints de SIBO [11], ou alors une présence plus importante de Faecalibacterium Prausnitzii (une bactérie productrice de butyrate) et de Prevotella copri par rapport aux patients sains dans une étude [12]. On retrouve notamment des biais dans les études citées ci-dessus car les critères diagnostics considérés pour les tests respiratoires ne sont pas forcément corrects et/ou ne sont pas les mêmes entre les deux études, ce qui rend difficile la comparaison, en plus du faible nombre de patients enrôlés.

Une étude très intéressante publié en 2022 dans l’American Journal of Gatroenterology [13] a clairement mis en évidence qu’il y avait une corrélation entre la présence d’une augmentation d’archées méthanogènes (Methanobrevibacter smithii) dans les selles des patients avec un test positif au méthane (IMO). Pour les patients avec un test respiratoire positif à l’H2S, une augmentation d’espèces du genre Fusobacterium et Desulfovibrio dans les selles a été mise en évidence. L’analyse du microbiote pourrait donc être intéressante pour mettre en évidence la configuration « méthane » (CH4) ou « hydrogène  sulfureux » (H2S). Des études antérieures avaient déjà confirmé la corrélation positive entre les niveaux de CH4 émis au test respiratoire et la présence de M. smithii dans l’analyse de microbiote.

Et la petite dernière pour la fin : Le SIBO se traite avec des cures d’antibiotiques ? VRAI ou FAUX

J’ai très envie de dire VRAI mais je vais mettre un grand « MAIS ». Je vais me répéter mais pour la prise en charge du SIBO (ou de l’IMO) cela commence déjà par la prise en charge de la cause. Ensuite effectivement peuvent venir les antibiotiques ou encore les antimicrobiens naturels. En effet, l’utilisation d’antimicrobiens naturels (formules à base de plantes par exemple) a montré une efficacité comparable à l’antibiotique de référence (la rifaximine) dans le traitement du SIBO hydrogène [14].

Si on doit résumer la prise en charge d’un SIBO H2, H2S ou d’un IMO il faut cumuler :

• La prise en charge de la ou les cause(s)
• L’adaptation du régime alimentaire: bas en soufre pour la configuration H2S, faible en glucides et éléments fermentescibles comme les FODMAPs pour le SIBO H2 et l’IMO avec un régime un peu plus « végétarien » en cas d’IMO
• L’utilisation d’antibiotiques ou antimicrobiens adaptés : berberine, neem, origan, extraits de grenade et autres polyphénols (en particulier pour l’H2S) par exemple. L’autre option est un traitement antibiotique avec par exemple la rifaximine et/ou le metronidazole en fonction de la configuration (H2 ou CH4). A savoir que la rifaximine seule n’est pas efficace sur les méthanogènes, c’est pour cela qu’on la couple souvent avec un autre antibiotique (comme le metronidazole).
• L’utilisation de prokinétiques médicamenteux (prucalopride, érythromycine à faible dose par exemple) ou naturels (gingembre, triphala, 5-htp, mélange de plantes amères, …) particulièrement en cas de SIBO et d’altération du CMM (complexe moteur migrant) suspectée ou confirmée
• L’utilisation éventuelle de prébiotiques validés pour le SIBO ou l’IMO comme la gomme de guar hydrolysée (Optifibre)
• L’utilisation éventuelle de probiotiques validés par des études pour le SIBO, l’IMO ou encore la configuration H2S. L’utilisation des probiotiques, bien que controversé, peut être un réel atout. Il faut cependant connaître et maîtriser l’utilisation des souches compatibles. On retrouve notamment le probiotique L. reuteri DSM17938 (Biogaia Protectis) [15] qui a montré un effet positif sur la constipation et la réduction des archées méthanogènes

CONCLUSION :

Les données scientifiques et les dernières recherches ont permis de faire évoluer les connaissances sur le SIBO mais il s’agit d’un domaine encore en pleine exploration sur lequel il faut en permanence actualiser ses connaissances. L’approche en santé fonctionnelle et en micronutrition s’intègre parfaitement dans la prise en charge de cette problématique multifactorielle. Le SIBO doit donc être vu comme une dysbiose quantitative et qualitative de l’intestin grêle, qui est consécutive à des problématiques impliquants : (i) une altération de la motilité de l’intestin grêle et impliquant un dysfonctionnement du CMM (ii) une altération du flux intestinal (iii) une problématique touchant la physiologie intestinale (c’est-à-dire le fonctionnement normal de l’intestin) (iv) une cause iatrogène (médicaments). Le test respiratoire reste considéré comme l’analyse de référence bien que d’autres outils soient en cours de développement comme une capsule à avaler capable d’analyser directement les gaz expirés ou encore de faire des prélèvements de microbiote directement dans l’intestin.

La prise en charge du SIBO H2, H2S ou encore de l’IMO passe par la mise en place de protocoles pouvant allier des antibiotiques ou antimicrobiens naturels adaptés, un régime alimentaire adapté à la configuration ainsi que l’utilisation de prokinétiques (lorsque cela est nécessaire). Parallèlement, la prise en charge de la cause du problème est primordiale pour que le patient ne rechute pas.

Christian Boyer