Introduction
Aujourd’hui, on peut constater que le thème des polymorphismes est à la mode. Et c’est tant mieux car je suis le premier à dire que c’est un sujet important en santé fonctionnelle. Cependant, je constate et déplore que l’on parle toujours des mêmes éternels polymorphismes ce qui est très réducteur et laisse penser qu’il n’y a que ceux-là à rechercher : FUT2 ; DIO2 ; COMT ; MTHFR …
Or, il existe des dizaines de polymorphismes d’intérêt majeur pour la consultation fonctionnelle. Je vous présente l’un d’entre eux. Bonne lecture.
La maladie de Crohn et sa prise en charge
Le gène NOD2 est un gène de susceptibilité, un gène de vulnérabilité de terrain pour la maladie de Crohn. Cette dernière (ainsi que la rectocolite hémorragique) est une MICI, une maladie inflammatoire chronique de l’intestin. En France, l’incidence des MICI est parmi les plus élevées au monde et est en constante augmentation. Plus de 320.000 personnes sont diagnostiquées. Il existe de très nombreux traitements médicaux pour la prise en charge de ces patients notamment depuis l’avènement des biothérapies. Cependant, ces immunosuppresseurs ne sont pas sans risque et ont parfois une efficacité limitée dans le temps (échappement thérapeutique conduisant à une multiplication des lignes de traitement), ce qui conduit les patients à rechercher des prises en charge complémentaires (je dis bien complémentaire car les biothérapies sont les traitements de référence). Ces patients viennent en consultation pour savoir mieux manger et mieux vivre avec leur MICI, mais aussi pour réaliser des biologies micronutritionnelles et fonctionnelles qui peuvent être très importantes pour optimiser la prise en charge comme nous allons le voir. Je recommande souvent à ces patients la lecture du livre « Diagnostiquée Crohn1» aux Editions Flammarion (et aussi « Pour en finir avec Crohn2 », toujours Flammarion), témoignage d’un changement radical de mode de vie d’une jeune patiente qui grâce à sa volonté à mis sa maladie en rémission.
Le gène NOD2, sa fonction et l’impact de son polymorphisme
Dans la maladie de Crohn, il y a une perturbation de la muqueuse intestinale, ce qui modifie le microbiote et provoque une réponse inflammatoire et une dérégulation immunitaire3. Cette inflammation est à l’origine des symptômes et lésions de la maladie. Beaucoup de facteurs peuvent contribuer aux modifications de la flore intestinale conduisant à cette pathologie : alimentation, polluants environnementaux, tabagisme, médicaments ainsi que le terrain génétique. Le gène NOD2 code pour une protéine clé de l’immunité (innée) dont le rôle est de maintenir une eubiose intestinale4 (régulation de la composition du microbiote). En cas de dysfonctionnement de NOD2, le microbiote intestinal est perturbé avec une altération de la barrière intestinale et une dysbiose. Cette dernière provoque l’état inflammatoire chronique. Le gène NOD2 a plusieurs polymorphismes dont les principaux sont : rs2066844 (si une personne est porteuse de l’allèle muté pour le rs2066844, son risque de développer la maladie de Crohn est de 17 à 35 fois supérieur5) ; rs2066845 ; rs2066843. Ainsi, on ne peut pas se contenter du résultat d’un seul SNP pour le gène NOD2.
Quand et oĂą rechercher le polymorphisme NOD2Â ?
Les laboratoires fonctionnels qui proposent des recherches de SNPs à l’unité ne font pas le NOD2. Ce sont des SNPs que l’on obtient lorsque l’on fait des recherches de nombreux polymorphismes avec des laboratoires comme SelfDecode, 23andme ou Nordic Genex. Quand devra-t-on prendre en considération les SNPs NOD2 ? Il y a peu d’intérêt à le faire à mon sens lorsque le diagnostic de Crohn est posé. Par contre, face à des tableaux cliniques d’état dysbiotique chronique, avec exclusion de pathologies graves par un gastroentérologue (cancer, MICI, …) étiquetés syndrome de l’intestin irritable, il peut être très intéressant de faire un panel de SNPs de l’intestin avec notamment le NOD2 (mais aussi FUT2 bien sûr et d’autres polymorphismes). A mon sens, c’est même dans ce type d’indication que l’exploration des polymorphismes est particulièrement pertinente. En effet, les troubles fonctionnels intestinaux sont très fréquents (avec des patients qui restent souffrants et en errance) et les terrains génétiques y jouent un rôle important. Les explorer peut nous mettre sur la piste d’une cause fonctionnelle à prendre en charge. NOD2 est un bon exemple. Il existe des formes de Crohn a bas bruit (on dit subclinique) qui passent sous les radars des explorations médicales classiques (donc pas de diagnostic). Retrouver un allèle muté sur un rs NOD2 (notamment le rs2066844) peut nous mettre sur la piste d’une forme de « Crohn fonctionnel » (appelons-la ainsi). On pourra dès lors proposer une prise en charge spécifique.
La prise en charge des polymorphismes NOD2 et analyses complémentaires
L’apport de butyrate sous forme de complément alimentaire stimule l’expression de NOD26 (et donc compense partiellement des éventuels SNPs). Par ailleurs, il est bien démontré que l’apport de butyrate améliore par différents mécanismes l’état clinique des patients avec une MICI7. Sur un tableau clinique de dysbiose intestinale chronique présentant une homozygotie mutée sur NOD2 (notamment le rs2066844), je proposerai un apport de butyrate de calcium (400 à 700 mg par jour durant un repas). Mieux, je proposerais en premier lieu un dosage des acides gras à courtes chaînes qui évalue (notamment) le taux de butyrate dans les selles du patient. C’est une analyse nutritionnelle et fonctionnelle dont j’ai parlé dans mon précédent livre8. Il faut savoir que dans les MICI les états dysbiotiques se révèlent caractérisés par une diminution des bactéries butyrogènes. Or, ce petit acide gras le butyrate est très important pour la santé intestinale notamment du côlon : il contribue au renforcement de la barrière intestinale, module l’inflammation, stimule la production de mucine, etc. Le dosage du taux de butyrate de notre patient avec polymorphisme muté NOD2 permet d’évaluer le besoin et de personnaliser l’apport.
Le dosage de la vitamine D est aussi essentiel dans le cadre d’une MICI (comme dans toutes les pathologies inflammatoires) ou sur ces « Crohn fonctionnels ». En effet, la vitamine D stimule l’expression de NOD29. J’ai longuement expliqué dans mon précédent livre également les valeurs santé pour le dosage de la vitamine D et les protocoles de supplémentation (d’attaque et d’entretien) qu’il faut proposer sur la base de ces résultats biologiques. Pour faire court et simple nous retiendrons la valeur cible de 60ng/ml pour que la vitamine D puisse avoir ces bénéfices « anti-inflammatoires ».
D’autre part, il faut savoir que la synthèse par ces cellules intestinales d’un peptide antimicrobien appelé la bêta2 défensine (qui joue un rôle clef dans l’équilibre du microbiote intestinal) est diminuée dans la maladie de Crohn. Or, il existe un dosage fécal de cette bêta2 défensine (que tous les laboratoires fonctionnels proposent). J’ai pu constater sur des patients avec polymorphisme NOD2 muté, des dosages effondrés de ce peptide antimicrobien (voir Illustration Cas clinique) qui m’ont conforté dans l’existence de ces formes de « Crohn fonctionnels ». D’ailleurs, la stimulation de NOD2 par la vitamine D induit en cascade la synthèse de cette bêta2 défensine9. Ainsi, si la vitamine D agit dans le contexte de Crohn c’est notamment via ce peptide antimicrobien.
En résumé, dans un contexte clinique de dysbiose chronique, la mise en évidence d’allèles mutés pour le polymorphisme NOD2 (notamment le rs2066844), nous conduira à proposer au minimum trois dosages fonctionnels : la bêta2 défensine fécale ; la 25-OH vitamine D ; les acides gras à courtes chaînes (AGCC). On pourra bien sûr rajouter d’autres explorations dépendant du contexte clinique. Dans le cadre de l’évaluation du stress oxydant généré dans des pathologies inflammatoires (dont les MICI) le dosage du glutathion total semble particulièrement pertinent10, afin d’évaluer la nécessité des apports . En cas de déficit en glutathion, on pourra proposer une supplémentation en N-acétylcystéine. À des doses comprises entre 600 et 1000 milligrammes par jour, les taux de glutathion total remontent très bien.
Illustration Cas clinique
Un cas clinique d’une femme de 55 ans en dysbiose chronique avec multiples exclusions alimentaires. Exclusion de toute forme de pathologies intestinales par le gastroentérologue. Polymorphisme NOD2 muté sur rs2066844 (recherches faites avec 23andme). Le dosage de la béta défensine (qui est totalement effondré) est très révélateur d’une forme de « Crohn fonctionnel ».
Bruno Mairet, formateur & co-fondateur de DFM Formations
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- Deumier J. Pour en finir avec Crohn de Jeanne Deumier – Editions Flammarion [Internet]. [citĂ© 13 juill 2026]. Disponible sur: https://editions.flammarion.com/pour-en-finir-avec-crohn/9782081480995
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